1941年，由于太平洋战争爆发，侨汇中断，经费枯竭，育侨中学并入国立华侨中学，更名为国立第一华侨中学，办学地点仍在呈贡（旧址现为昆明市呈贡区龙城镇龙街小学）。同年8月教育部在重庆江津成立国立第二华侨中学。10月，教育部决定将育侨中学并入国立华侨中学，育侨中学原校址改为国立华侨中学呈贡分校。年底，教育部电令国立华侨中学改名为国立第一华侨中学。